1937 году иеромонах Пафнутий отправился на свою родину. Он уже был неизлечимо болен туберкулезом и предполагал остаться в дорогих его сердцу местах до своей кончины. Но Господь пожелал, чтобы он проделал иной путь, правое прохождение которого завершалось мученическим венцом.
* * *
Преподобномученик Пафнутий родился в 1866 году в деревне Победное Мценского уезда Орловской губернии в семье крестьянина Федора Костина и в крещении был наречен Борисом. Первоначальное образование он получил в сельской школе. Борис был младшим у родителей, и отец, пожелав, чтобы сын послужил Богу, что совпадало и с желанием Бориса, благословил его идти в монастырь. Одним из известнейших тогда монастырей, куда приходили по большей части дети крестьян, была Оптина пустынь в Козельском уезде Калужской губернии, особенно привлекательная для тех, кто в детстве приходил сюда молиться вместе с родителями. И находилась она не так далеко от места, где жила семья Костиных. Поступив в Оптину пустынь, Борис 5 августа 1900 года был пострижен в монашество с именем Пафнутий, 23 августа 1904 года был рукоположен во иеродиакона, а 8 августа 1910 года — во иеромонаха.
Началась Первая мировая война, и из монастырей многие послушники были отправлены на фронт рядовыми, а кто был в священном сане — полковыми священниками. 26 июня 1914 года иеромонах Пафнутий был командирован в качестве священнослужителя в Управление 8-й бригады Госополчения Московского военного округа, где прослужил до прекращения военных действий. Вернувшись в обитель, он служил в ней до ее закрытия в 1923 году. После выселения из монастыря отец Пафнутий поселился в деревне Сосенка Козельского района и стал совершать требы по просьбе крестьян. В это время ему исполнилось пятьдесят семь лет, и около десяти лет он в таком качестве служил своей пастве.
В 1937 году иеромонах Пафнутий, уже сильно больной, посетил свою родину. Сотрудники НКВД заинтересовались приехавшим иеромонахом и стали расспрашивать о нем соседей, и по всему было видно, что сведения собираются для его ареста. Дожить до мирной кончины в родных когда-то местах отцу Пафнутию было не суждено. Не ожидая, когда придут гонители, чтобы его арестовать, он вернулся в деревню Сосенка.
Здесь он тяжело заболел и во время болезни 13 декабря 1937 года был арестован и помещен в камеру предварительного заключения при Козельском районном отделении НКВД. Тогда же в течение четырех дней были арестованы супруга священника, служившего до своего ареста в Благовещенской церкви в Козельске, староста этой церкви и шесть монахинь и послушниц Шамординского монастыря. Все они вместе с отцом Пафнутием обвинялись в том, что, встречаясь в доме супруги арестованного священника и «будучи враждебно настроены к политике советской власти, взаимно договорившись между собой, собирали нелегальные религиозные сборища, куда вовлекали отсталую часть колхозниц и колхозников, распространяли религиозные листовки и проводили контрреволюционную агитацию среди населения...».
Сразу же после ареста следователь допросил отца Пафнутия.
— Следствие располагает свидетельскими показаниями о том, что вы как <...> монах состояли в контрреволюционной организации, возглавляемой попадьей <...>, проводили по ее заданию среди населения контрреволюционную агитацию против советской власти и ее мероприятий. Следствие требует дать правдивые показания, — потребовал от иеромонаха Пафнутия следователь.
— Виновным себя в этом не признаю, в контрреволюционной организации я не состоял и агитации не вел, — ответил отец Пафнутий.
— Следствие располагает данными о том, что в декабре 1936 года вы проводили контрреволюционную агитацию против переписи населения. Требуем правдивых показаний.
— Виновным в этом себя не признаю...
— Следствие имеет точные данные о том, что вы по заданию попадьи <...> проводили в декабре 1937 года контрреволюционную агитацию против выборов в Верховный совет. Требуем правдивых показаний.
— Виновным себя в проведении контрреволюционной агитации не признаю и против выборов в Верховный совет не выступал.
— Признаете ли себя виновным в предъявленном обвинении?
— Виновным себя в предъявленном обвинении <...> не признаю.
16 декабря 1937 года было составлено обвинительное заключение, и дело отправлено на рассмотрение внесудебной тройки. Судя по тому, как развивались дальнейшие события, материалы дела были переданы в тройку УНКВД по Смоленской области лишь на отца Пафнутия, и 5 января 1938 года он был приговорен к расстрелу. Монахини, церковная староста и супруга священника, найдя, вероятно, возможность договориться со следователями, в феврале 1938 года были из-под стражи освобождены.
Иеромонах Пафнутий (Костин) был расстрелян рано утром в день празднования Богоявления, 19 января 1938 года, и погребен в общей безвестной могиле.
