Протоиерей Неофит направил письмо инициатору русской революции, председателю Совнаркома В. И. Ленину, с отцом которого был знаком по педагогической деятельности в Симбирске.
«Невзгоды были и в семье Вашего дорогого родителя, они касались и Вас и Вы были дороги для своих родителей, — писал ему отец Неофит. — Тяжело и мне переносить невзгоду своей дочери и своего зятя. Покорнейше прошу принять участие в моем горе: благоволите отпустить моего зятя от всяких преследований и от тюрьмы или же отдать мне на поруки. Он человек благонамеренный, советское правительство признает и подчиняется ему, каких-либо контрреволюционных выступлений нигде никогда не имел, он проповедник слова Божия — миссионер, и только. Прошу Вас <...> ради памяти вашего родителя, моих заслуг по отношению к вашей родной сестре Марии Ильиничне в деле образования и воспитания помочь мне в моем горе: освободить Варжанского из тюрьмы и возвратить в его семью...». Ответа на это письмо отец Неофит не получил.
* * *
Священномученик Неофит родился в 1846 году в селе Мордовские Липяги Самарской губернии в семье диакона Никольской церкви Порфирия Любимова. По окончании Самарской духовной семинарии он был направлен для продолжения образования в Киевскую духовную академию. В 1874 году Неофит Порфирьевич был назначен преподавателем гомилетики, литургики и практического руководства для пастырей в Симбирскую духовную семинарию. Четверть века он прослужил преподавателем в учебных заведениях Симбирска, в епархиальном женском училище и Мариинской женской гимназии. В Губернском училищном совете в это время состоял директор народных училищ Симбирской губернии и отец будущего «вождя революции» Илья Николаевич Ульянов, с которым Неофит Порфирьевич тогда познакомился.
Живя в Симбирске, Неофит Порфирьевич обвенчался с Марией, дочерью купца города Ардатова Льва Мурашкинцева, бывшего старостой ардатовского Троицкого собора. Впоследствии у супругов родилось трое детей. Младшая дочь, Зинаида, вышла замуж за миссионера Московской епархии Николая Юрьевича Варжанского.
7 сентября 1885 года епископ Симбирский Варсонофий (Охотин) рукоположил Неофита Порфирьевича во диакона к Введенской церкви при епархиальном женском училище, а на следующий день — во священника к той же церкви. Давая впоследствии ему характеристику, епископ писал о нем как о человеке высоконравственном и надежном.
4 февраля 1903 года митрополит Московский Владимир (Богоявленский) назначил отца Неофита настоятелем Воскресенской, что на Ваганьковском кладбище церкви в Москве. 6 мая 1905 года он был возведен в сан протоиерея. В 1914 году отец Неофит был назначен настоятелем храма святителя Спиридона за Никитскими воротами.
Ревностно совершавший богослужения, с прискорбием переживал отец Неофит изменившийся к худшему подход к посещению храма современных людей, равнодушно относящихся к богослужению. И это несмотря на то, что во время богослужения, как увещевал паству отец Неофит, «всё содействует возношению нашего ума и сердца к Богу и святым Его угодникам, всё направлено к водворению мира в нашей душе, тишины и упокоения. <...> Здесь все житейские попечения оставляются, здесь видим и слышим только то, что относится ко спасению души, — и священнодействие совершается для души, и молитвы читаются для души, и слово Божие проповедуется для души».
Он возражал тем, кто считал, что дома молиться свободней, убедительно доказывая, что, переставая молиться в храме, христианин, если он еще таковым остается, в конце концов перестанет молиться и дома и может дойти до такого состояния, что вовсе забудет о Боге. Отца Неофита поражало ставшее почти повсеместным явление, когда часть прихожан уходит из храма до окончания богослужения, не имея на то никаких уважительных причин. «Мы имеем в виду явление постоянное, проявляющееся каждый праздник и каждый воскресный день, — писал он. — Такими нарушителями церковного порядка бывают по преимуществу одни и те же лица, для которых это бесчиние вошло в обычай, в дурную привычку. Бегут из храма образованные и необразованные, увлекая за собой детей, подростков, мальчиков и девочек. И для чего оставляют церковное собрание эти лица? Стыдно сказать: скорее чаю напиться, в сытость поесть, табачным смрадом напитаться, заняться пустыми делами, пересудами, сплетнями. <...>
Но особенно бегство из храма начинается тогда, когда отец ваш духовный выйдет на проповедь. <...> Вместо того чтобы стать поближе к амвону и получше выслушать поучение своего руководителя в жизни духовной, многие в это время ринутся ко всем не запертым дверям храма, чтобы выйти из него вон, а некоторые начнут разговаривать во время проповеди, шуметь, кашлять, громко читать молитвы, охать, вздыхать, потягиваться, прикладываться к иконам, словом — начнут бесчиние, не допускаемое в священных церковных собраниях. <...> А вздумай пастырь обличать пороки, делать внушения, им весьма многие останутся недовольны, явятся у него враги. <...> Разве не знают эти беглецы из храма, эти бесчинники в храме, что пастыри ваши совершают не свое дело, а дело Того, Кто сказал им: идите, научите все народы соблюдать всё, что Я заповедал вам. <...>
Бегут из храма и не желают слушать проповедь люди горделивые, ложно ученые и полуобразованные, считающие себя выше и лучше проповедника в понимании жизни и слова Божия. Этой гордостью проникнуто и наше юношество учащееся и где-либо учившееся... Жалкая и страшная эта истина! Но верно то, что это юношество в настоящее время грубо и дико, чуждается всего истинно высокого, прекрасного, чистого, душу человеческую укрепляющего, дающего ей силы на борьбу с существующим в современном обществе злом. Не увидит на себе оно благословения Божия, почему не найдет себе и счастья на земле и вечных благ на небе, если не будет и далее слушать голоса своей совести и учения Иисуса Христа».
Наступило жестокое время гонения на христианство, для одних неожиданное, для других давно ожидаемое, и становилось страшно от одного предчувствия тех ужасов, которыми оно грозило, и той беспечности, с которой продолжали жить люди. Казалось, начинал оживать древний языческий мир, но в еще большей жестокости — как отступивший от Христа.
31 мая 1918 года в своей квартире на Пятницкой улице в Москве был арестован вместе с бывшими у него в это время в гостях настоятель храма Василия Блаженного протоиерей Иоанн Восторгов. Среди гостей был миссионер Николай Юрьевич Варжанский, зять протоиерея Неофита Любимова. Именно после этих событий отец Неофит написал упоминавшееся ранее письмо Ленину, которое осталось безответным.
20 июля 1918 года Патриарх Тихон сообщил членам Поместного Собора о расстреле Николая II и добавил, что благословляет архипастырей и пастырей молиться на местах в храмах Русской Церкви об упокоении души бывшего государя, и сам тут же отслужил по убитому панихиду. В тот же день, когда Патриарх сообщил о случившемся, в храме святителя Спиридона перед всенощной собрались члены приходского совета и член Собора Александр Дмитриевич Самарин рассказал им, что происходило на заседании Собора в связи с известием о смерти Николая II.
Служить панихиду попросили протоиерея Неофита, и на следующий день, 21 июля, в пять часов вечера она была им отслужена. Тем же вечером отец Неофит был арестован.
Отвечая на вопросы следователя, священник сказал: «Протоиерей я около двенадцати лет, раньше служил в Симбирске преподавателем духовной семинарии и Мариинской гимназии, где прослужил двадцать шесть лет. В Симбирской губернии я служил с отцом Ленина, сестры Ленина учились у меня. 20 июля в храме состоялось совещание. <...> На совещании Самарин предложил отслужить панихиду по Николаю, который был помазанником Божиим, и о нем следует просить Бога об отпущении ему грехов. <...> Ввиду того, что мы молимся за всякого православного христианина, я по просьбе согласился служить панихиду. Слышал, что в других церквях также были отслужены панихиды по Николаю. По убеждениям я беспартийный, в Союзе русского народа и других монархических организациях не состоял. На совещаниях Собора я не бываю. С Восторговым встречался только по служебным делам. Самарин третьего дня был на заседании Собора, но о чем там рассуждали, не знаю».
Этих ответов следователю показалось недостаточно для обвинения священника, и он стал изучать материалы, которые были изъяты при обыске, в частности проповеди; некоторые из них показались ему контрреволюционными. Особенно контрреволюционным показалось то место из проповеди, где протоиерей Неофит говорит: «Разве это свобода христианства, когда не дают никому свободно делать добро, когда стесняют, преследуют за всякое доброе стремление, когда хотят стереть с лица земли всех блюстителей веры, чести и правды? Разве это любовь, когда любят только подобных себе убийц и грабителей, за них стоят, им рукоплещут как героям, им свободу дают на преступления, тогда как проповедников свободы и любви христианской, евангельской по учению Православной Церкви ненавидят и преследуют?» Этот фрагмент проповеди, вполне отражающий тогдашнюю действительность, следователь внёс в обвинительное заключение как якобы доказывающий контрреволюционность священника.
2 августа следователь снова допросил отца Неофита, но ничего того, что компрометировало бы его в глазах власти, не услышал. 26 октября следователь составил заключение, написав, что, по его мнению, Любимов явный монархист и противник советской власти. За служение панихиды по убиенном царе Николае его объективно осуждать нельзя, так как такую панихиду служили во всех церквях, она служит лишь фактом его контрреволюционной деятельности, как участника заговора попов. Но, принимая во внимание все найденные у протоиерея Неофита контрреволюционного характера документы, следователь предложил его «немедленно расстрелять».
30 октября 1918 года состоялось заседание президиума Коллегии отдела по борьбе с контрреволюцией, состоявшего из трех лиц. Двое проголосовали за расстрел, один предложил заключить арестованного в концентрационный лагерь. Судьба священника решилась большинством голосов, и он был приговорен к расстрелу.
Протоиерей Неофит Любимов был расстрелян в тюрьме и затем погребен в свободной тогда от могил части Калитниковского кладбища, где был погребен его зять, Николай Юрьевич Варжанский, и где хоронили в то время расстрелянных по бессудным приговорам.
Чекисты так спешили расстрелять отца Неофита, что забыли написать, в какой день приговор был приведен в исполнение, и только когда в 1927 году ОГПУ стало приводить свои архивы в порядок, решили датой смерти считать 30 октября.