Вы арестованы за контрреволюционную деятельность. Дайте показания! — потребовал от отца Флегонта следователь.
— Виновным себя в контрреволюционной деятельности не признаю, — ответил священник.
За неделю до ареста отца Флегонта в качестве свидетеля был допрошен Иван Павлович Замахов, показавший, что в квартире протоиерея Флегонта был арестован священник, и, сочувствуя ему, тот сказал, что при этой власти ничего нельзя говорить, так как священника арестовали только за то, что он сказал правду.
Используя эти показания и переиначивая их на свой лад, следователь стал настойчиво требовать, чтобы отец Флегонт лжесвидетельствовал против себя.
— Следствию известно, что вы в сентябре 1937 года высказывали контрреволюционные взгляды, недовольство политикой партии и правительства. Дайте показания! — сказал он.
— Нет, никакой контрреволюционной агитации я не вел, — ответил священник.
— Следствию известно, что вы в октябре 1937 года высказывали контрреволюционные взгляды. Дайте показания.
— Никаких контрреволюционных взглядов я не высказывал и не мог высказывать.
...Это был первый допрос отца Флегонта. Но он же окажется и последним. Уже через несколько дней ему вынесут приговор.
* * *
Священномученик Флегонт родился 28 марта 1871 года в селе Каряево Угличского уезда Ярославской губернии в семье священника Николая Понгильского. В 1886 году он окончил Ярославское духовное училище, в 1893-м — Ярославскую духовную семинарию и некоторое время был учителем в церковноприходской школе в селе Смоленском что в Красном Бору в Ярославском уезде.
В 1895 году Флегонт Николаевич был рукоположен во священника ко храму святителя Василия Великого в селе Васильевском в Юхти Угличского уезда. 29 октября 1897 года он был переведен в храм Воскресения Христова в погосте Железный Борок. 1 ноября 1905 года отец Флегонт был направлен служить в Ярославль в Никольский храм при 2-м высшем начальном училище имени построившего его купца Николая Михайловича Градусова. 11 февраля 1906 года он был назначен законоучителем во вновь открытое Ярославское 2-е городское училище, 19 ноября 1911 года — законоучителем во вновь открытое Ломоносовское начальное училище. Во время Первой мировой войны отец Флегонт был направлен служить в 663-й пехотный полк и здесь исполнял пастырские обязанности в военных лазаретах.
Ревностное служение священника сделало его широко известным в Ярославле, и прихожане храма великомученика Димитрия Солунского стали просить архиепископа Ярославского Агафангела (Преображенского), чтобы он назначил отца Флегонта к ним в храм на имевшееся вакантное место, и 22 сентября 1915 года архиепископ назначил его служить в этом храме. В том же году Святейший Синод наградил отца Флегонта наперсным крестом. В 1916 году он стал законоучителем при новооткрытых в Ярославле подготовительных курсах Ф. Уткина. Через несколько лет он был возведен в сан протоиерея и назначен одним из благочинных города Ярославля.
Впоследствии протоиерей Флегонт стал служить в Богородицкой церкви в Ярославле, где и застали его в конце 1920-х годов жестокие гонения. Он был арестован 7 сентября 1929 года, в тот период, когда в Ярославской и Владимирской епархиях было одновременно арестовано несколько десятков выдающихся священнослужителей и мирян. Власти в то время пользовались любым поводом для уничтожения Церкви. Таким поводом в данном случае послужила переписка ярославского духовенства, касающаяся декларации митрополита Нижегородского Сергия (Страгородского), а также недовольство некоторыми действиями назначенного митрополитом Сергием правящим архиереем в Ярославль архиепископа Павла (Борисовского), в частности, тем, что архиерей демонстративно отслужил службу под Новый год по гражданскому календарю, что в Ярославской епархии тогда было не принято. Верующие увидели в этом поступке архиепископа намерение идти по пути обновленцев в угождении атеистической власти.
Как благочинный и известный своим ревностным служением пастырь, отец Флегонт издавна пользовался большим доверием ярославских архиереев, и когда был сослан викарий Ярославской епархии епископ Тутаевский Вениамин (Воскресенский), то вся его церковная переписка с архиепископом Павлом стала вестись через протоиерея Флегонта.
Сотрудники ОГПУ написали впоследствии в обвинительном заключении: «В августе 1928 года глава тихоновской церкви... митрополит Сергий публично через печать выпустил обращение, в котором признал, что за период революции основным принципом церковной политики по отношению к советской власти было положение: “лояльность к советской власти есть измена православию”. Выдвигая в противовес этому принципу положение, что каждый верующий и церковнослужитель без всякого ущерба для своей религии может быть вполне лояльным гражданином Советской Республики, Сергий призвал всех верующих и пастырей стать на этот новый путь, а кто не может переломить себя, предлагал отстраниться от церковных дел и не мешать...
Если первое время деятельность оппозиционеров-антисергиевцев проявлялась... внутри церковников, антисоветская же носила скрытый характер, то с весны 1929 года, в момент обострения классовой борьбы и военной опасности, в противовес развернувшейся кампании по соцсоревнованию и укреплению обороноспособности страны, эта церковная группировка особо резко стала проявлять себя, выступая с ярко антисоветскими лозунгами, как например: “Верующий гражданин не может свою безбожную родину считать своей родиной и тем паче радоваться ее успехам”...»
Протоиерея Флегонта, как и других, обвиняли в антисоветской деятельности, заключавшейся в обсуждениях духовенством насущных вопросов церковной жизни и положения Церкви в государстве, где официальной идеологией был воинствующий атеизм. Вызванный на допрос, он сказал следователю: «В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю и на заданные вопросы отвечаю, что я хотя и состою благочинным, но ни в каких нелегальных собраниях не участвовал. Письма от епископа Вениамина я получал. Ныне в июне я получал письма от него, но содержания их я не знаю, потому что они были адресованы хотя и на меня, но для передачи архиепископу Павлу».
3 января 1930 года Коллегия ОГПУ вынесла приговор тридцати трем обвиняемым — священнослужителям и мирянам Ивановской промышленной области, искусственно составленной к этому времени из частей Ярославской, Костромской и Владимирской областей, что должно было способствовать разрыву с историческим прошлым России. Протоиерей Флегонт был приговорен к трем годам ссылки в Северный край.
10 ноября 1932 года отец Флегонт был освобожден. Желая быть ближе к семье, находившейся тогда в поселке Новогиреево рядом с Москвой, и в то же время не имея возможности жить в непосредственной близости от Москвы, как отбывший заключение по статье, считавшейся политической, он поселился на границе Московской и Владимирской областей в поселке Петушки, где селились многие пораженные в гражданских правах священнослужители.
14 июня 1936 года отец Флегонт устроился работать весовщиком на станции Храпуново на железной дороге имени Ф. Э. Дзержинского, но 15 августа был уволен, как отбывавший заключение. Затем он устроился сторожем на топливный склад при той же железной дороге, где ему было выдано удостоверение с фотографией, ставшей единственной, по которой мы можем восстановить внешний облик священномученика.
В 1937 году началось самое обширное и беспощадное гонение на Русскую Православную Церковь, когда стали арестовываться не только те священнослужители, которые продолжали служить в избежавших закрытия храмах, но и те, кто, вернувшись из ссылок и лагерей, остались без места и трудились на гражданских работах. Протоиерей Флегонт был арестован на праздник Введения во храм Пресвятой Богородицы, 4 декабря 1937 года, и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. Сразу же после ареста ему был устроен допрос.
Чтобы как-то обосновать вину священника перед советской властью, свидетелем был привлечен хозяин дома, в котором жил отец Флегонт, Иван Семенович Краснов, который показал, что однажды он попросил священника, как бывшего учителя, помочь его детям и позаниматься с ними, готовя домашние задания. Священник согласился, но, просмотрев учебники, сказал, что по-советски учить не будет.
— Следствию известно, что вы порицали советские учебники и отказывались по ним давать уроки. Дайте показания, — обращаясь к отцу Флегонту, потребовал следователь.
— Нет, советских учебников я не порицал, я лишь ознакомился с ними, — ответил священник.
— Обвиняемый, ваша контрреволюционная деятельность доказана показаниями ряда свидетелей. Я требую правдивых показаний! — настаивал следователь.
— Я себя виновным в контрреволюционной деятельности не признаю, — категорично ответил отец Флегонт.
Следствие было закончено уже на следующий день после ареста священника, и 9 декабря 1937 года тройка УНКВД по Московской области приговорила его к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере. Протоиерей Флегонт Понгильский скончался 23 апреля 1938 года в одном из лагерей в Новосибирской области и был погребен в безвестной могиле.