Начались 1930-е годы. Игумен Филарет видел, что власти ведут за ним пристальное наблюдение, и, зная, что повсюду идут аресты духовенства, монахов и мирян, предупреждал всех приходивших к нему в храм помолиться, что скоро его арестуют. Сам он уже давно приготовился к аресту, и на этот случай у него была приготовлена котомка со всем необходимым. И действительно, в мае 1931 года отца Филарета арестовали — в первый, но не последний раз…
Преподобномученик Филарет родился 29 августа 1880 года в селе Чулково Пронского уезда Рязанской губернии в семье крестьянина Трофима Пряхина и в крещении наречен был Иоанном. Имея горячее желание послужить Христу и Его Святой Церкви, он в семнадцать лет поступил в Спасскую Пронскую пустынь, находившуюся неподалеку от города Пронска. В обители, кроме обязательных для всех хозяйственных послушаний, он проходил послушание на клиросе. 21 апреля 1913 года он был пострижен в монашество с именем Филарет и 18 августа рукоположен во иеродиакона. 16 ноября 1914 года он был рукоположен во иеромонаха.
Главной святыней пустыни был чудотворный список иконы Божией Матери «Споручница грешных», с этим образом братия совершала крестные ходы по селам и деревням. Вместе с братией ходил и совершал во время остановок крестного хода молебны и иеромонах Филарет. После того как во время гонений на Русскую Православную Церковь пустынь была в 1919 году закрыта властями, отец Филарет перенес этот образ в храм Казанской иконы Божией Матери в селе Срезнево Спасского уезда, где он тогда стал служить. Архиепископ Рязанский и Зарайский Вениамин (Муратовский) благословил отца Филарета возобновить монастырский обычай ходить с иконой по селам, и на 29 мая (11 июня) в приходе было установлено празднование иконе Божией Матери «Споручница грешных». В этот день в село сходилось до восьми тысяч богомольцев и служило до двадцати священников. В 1926 году отец Филарет был возведен в сан игумена.
В июле 1930 года Рязанский отдел ОГПУ сообщил своему руководству в Москве, что в селе «Срезнево Шиловского района 11 июня по случаю престольного праздника имел место массовый наплыв богомольцев — всего около восьми тысяч человек. Такое большое скопление, как выяснено, объясняется тем, что в селе Срезнево служит в качестве священника некто Филарет. Предварительным выяснением установлено, что Филарет, имея “чудотворную икону”, проводит ежедневные молебны и другие виды служб, в которых участвуют несколько попов, монахов и монахинь. 11 июня сего года на празднике в селе Срезнево находилось до двадцати попов и до двухсот человек монашествующего элемента. Службы происходили в течение трех суток. В период проведения массовой коллективизации паломничество крестьян окружающих сел и деревень, главным образом женщин, было особенно большим, отмечалось также, что после их свидания с Филаретом таковые не вступали в колхозы, а вступившие быстро выписывались.
Окружным отделом ОГПУ принят ряд срочных мер к парализации деятельности Филарета…»
31 мая 1931 года игумен Филарет был арестован. Отвечая на вопросы следователя, он вполне откровенно рассказал ему о монастырской жизни во время гонений. «Я находился в течение двадцати лет в Спасском монастыре, — сказал он. — События убиения царя Николая II потрясли наш монастырь, все очень сожалели. В 1919 году разогнали наш монастырь. Имущество разграбили, а в зданиях поместили разные учреждения. Все монахи и послушники разбрелись по разным сторонам, кто куда. В то же время были разгромлены как мужские, так и женские монастыри. Все монахи и монахини поселились около церквей в церковных сторожках и были верными последователями Христа. Я являюсь врагом для советской власти, так как советская власть всё время идет против Православной Церкви и религии».
12 ноября 1931 года Коллегия ОГПУ приговорила игумена Филарета к пяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере, и он был отправлен на строительство Беломорско-Балтийского канала.
После окончания в 1936 году срока заключения отец Филарет приехал в Рязань к архиепископу Рязанскому Иувеналию (Масловскому), и тот посоветовал ему уехать из города, где его могут снова арестовать, и отправиться в Тверь, где как человек новый он будет не столь заметен для местных властей.
Игумен Филарет послушался совета и выехал в Тверь; здесь он познакомился со священником единоверческого храма на Волынском кладбище — одного из двух не закрытых тогда храмов в городе, и тот помог ему найти в городе квартиру, в которой он прожил около двух лет, а затем перебрался к дальнему родственнику Ивану Зотову, человеку церковному. Будучи арестован и приговорен к ссылке, Иван из ссылки бежал и, купив около станции Кулицкая деревенскую баню, приспособил ее под жилье. Работал он на такой должности, ниже которой по социальной лестнице уже некуда было спускаться, — ассенизатором на торфоразработках — и потому, вероятно, ощущал себя в относительной безопасности.
Пока отец Филарет жил в Твери, он посещал храм во имя иконы Божией Матери «Неопалимая Купина», где тогда служил архиепископ Тверской Фаддей (Успенский), а после его казни и закрытия храма отец Филарет стал приезжать помолиться в последний незакрытый храм, располагавшийся на Волынском кладбище на окраине Твери, где стал служить сменивший архиепископа Фаддея епископ Палладий (Шерстенников), возведенный в 1938 году в сан архиепископа. В 1938 году архиепископ Палладий предложил игумену Филарету занять освободившееся место священника в храме в селе Конаково, куда отец Филарет тут же и отправился, но конаковские власти отказали ему в выдаче регистрации.
В августе 1939 года сотрудники НКВД произвели многочисленные аресты в Твери, был арестован и архиепископ Палладий. 28 августа, на праздник Успения Божией Матери, игумен Филарет с Иваном Зотовым пришли помолиться в храм на Волынском кладбище. К отцу Филарету подошел местный диакон по имени Христофор и сказал: «За тобой приехали из НКВД, хотят тебя арестовать, беги скорее». Отец Филарет с Иваном через перелесок, а затем через лес вышли из города и добрались до дома, где они тогда жили. За это время сотрудники НКВД выяснили место жительства отца Филарета, и вечером того же дня он был арестован и заключен в тюрьму. Начались допросы, которые продолжались три месяца. Отец Филарет категорически отказался признавать себя виновным в возводимых на него ложных обвинениях. И как бывало в подобных случаях, следователи представили ему выдержки из показаний согласившегося сотрудничать с НКВД обвиняемого — архиепископа Палладия, который оговорил игумена Филарета, показав на допросе и на очной ставке, что тот является участником антисоветской монархической группировки, которую до приезда епископа Палладия в Тверь возглавлял архиепископ Фаддей (Успенский).
— В чем конкретно вы признаете себя виновным согласно предъявленному вам обвинению? — спросил следователь отца Филарета.
— Я признаю, что владыке Палладию я высказывал антисоветские измышления, обвиняя советскую власть в притеснении религии и гонении на духовенство, называл советскую власть властью антихриста. Участником антисоветской церковно-монархической группировки я никогда не был и в этом себя виновным не признаю. Никаких советов и указаний церковникам о проведении антисоветской деятельности я не давал и указаний давать такие советы ни от кого не получал. Владыка Палладий никаких антисоветских поручений мне не давал, и о том, что он является руководителем антисоветской группировки, я до очной ставки с ним не знал. Кроме Палладия, я никому и никогда своих антисоветских настроений не высказывал. Никакой антисоветской деятельности не проводил, виновным себя в других предъявленных мне обвинениях не признаю.
4 марта 1940 года Особое Совещание при НКВД СССР приговорило отца Филарета к трем годам заключения в исправительно-трудовом лагере, и он был отправлен в Сибирь. Начавшаяся война стала временем тяжких лишений и страданий для всего народа, а для попавших в тюрьмы и лагеря заключение в этот период нередко оказывалось равносильно смертному приговору. Игумен Филарет (Пряхин) скончался 7 марта 1942 года в Ново-Ивановском отделении Мариинского лагеря в Кемеровской области и был погребен в безвестной могиле.