На уговоры следователя признать себя виновным отец Александр ответил отказом, сказав, что виновным себя не признает. В тот же день были допрошены лжесвидетели.
Один из них, колхозный сторож, сказал: «Агафонников в беседе со мной неоднократно выказывал свои враждебные взгляды на советскую власть, заявляя о том, что советская власть их притесняет, прижимает во всем, “вот возьми, например, меня: сидел в тюрьме, находился в ссылке, а за что советская власть высылала — ни за что, напрасно, потому что она не дает народу свободы вероисповедания и, не считаясь с требованием верующих, высылает нас, чтобы уничтожить религию”».
Другой свидетель, местный уроженец, рабочий и член коммунистической партии, показал: «В начале августа я шел к церкви, где был улей с моими пчелами. У церкви я встретился с Агафонниковым, который разговаривал с верующими. О чем он с ними беседовал до того, как я подошел, не знаю. Агафонников, остановив меня, завел сначала разговор о пчелах, в дальнейшем он перевел на разговор о плохой жизни при советской власти, заявив в присутствии верующих: “С каждым днем все тяжелее становится жить народу, доходов у крестьян стало мало, и живут они впроголодь”. Я ему стал возражать и доказывать обратное, но Агафонников разговор со мной прекратил и пошел вместе с верующими к своему дому».
На основании таких лжесвидетельств отец Александр был вскоре признан виновным и приговорен к расстрелу.
* * *
Священномученик Александр родился 3 декабря 1881 года в селе Медяны Вятской губернии в семье псаломщика Владимира Агафонникова. По окончании в 1903 году 5-го класса Вятской духовной семинарии Александр поступил учителем в Сычевскую церковноприходскую школу.
В 1904 году он был рукоположен во диакона ко храму в селе Кырчан Нолинского уезда Вятской губернии, в 1906 году — во священника ко храму в селе Тойкино Сарапульского уезда и назначен преподавателем Закона Божьего в Тойкинском земском училище. В 1911 году отец Александр был избран депутатом от духовенства на епархиальный съезд, а в 1913 году — депутатом на окружной училищный съезд.
В 1914 году отец Александр был переведен в храм в селе Спасо-Талицы Орловского уезда Вятской губернии и назначен законоучителем женского и мужского земских училищ. В 1915–1917 годах он избирался депутатом на епархиальные съезды, а в 1917 году был избран благочинным 1-го округа Орловского уезда. С 1917 года отец Александр стал служить в городе Вятке, с 1919 года — в Спасо-Троицком соборе в городе Котельнич и вскоре был назначен благочинным. На состоявшемся в 1923 году собрании благочиния было принято решение просить Патриарха Тихона об учреждении в Котельниче отдельного викариатства. Отец Александр предложил в качестве кандидата на епископскую кафедру иеромонаха Флавиана (Сорокина), подвизавшегося в Златоустовском монастыре в Москве.
В начале 1924 года иеромонах Флавиан был хиротонисан во епископа Котельнического, викария Вятской епархии. По приезде в Котельнич епископ Флавиан был вызван в уездный исполнительный комитет, где у него спросили, собирается ли он создавать при себе епархиальное управление, на что он ответил, что нет. В этот период отец Александр исполнял обязанности городского благочинного и был ближайшим помощником архиерея. Епископ Флавиан управлял викариатством около года, а затем был арестован и сослан. Из ссылки он написал отцу Александру, что попал в чрезвычайно тяжелые материальные обстоятельства и нуждается в самом необходимом; в ответ на просьбу о помощи отец Александр стал ежемесячно высылать епископу деньги.
В это время в Котельниче обострилась борьба обновленцев с православными; обновленцы были активно поддержаны советской властью, и ОГПУ стало собирать сведения о наиболее непримиримых их противниках. В конце 1926 года сотрудники ОГПУ составили заключение о деятельности отца Александра Агафонникова, в котором писали, что он, «будучи благочинным, в 1925 году сгруппировал вокруг себя реакционный элемент из духовенства города Котельнич и монашек и повел усиленную работу по укреплению в пределах уезда “старого православия” для более усиленной борьбы с так называемой группой обновленческого духовенства. Он повел работу по организации в городе Котельнич специальной епископской кафедры, что ему и удалось. В конце 1925 года в город Котельнич приехал епископ Флавиан, который вскоре Коллегией ОГПУ был сослан за антисоветскую деятельность.
Перед арестом Флавиан дал Агафонникову строгий наказ держаться за “старое”, быть стойким и не бояться никаких преследований со стороны существующей власти и поручил ему нелегально исполнять должность наместника управляющего епархией.
Будучи реакционно настроен против советской власти, Агафонников в церкви устраивал посвященные “страдальцам за веру православную” молебны, на которых демонстративно произносил многолетия страдальцам за веру православную, изгнанникам архиепископу Павлу, епископам Виктору и Флавиану, этим самым фанатично верующую публику натравливал на существующий государственный строй.
После приезда в город Котельнич митрополита Кирилла Агафонников сгруппировал вокруг него черносотенно-реакционный элемент. Способствовал агитации монашек среди неверующего населения о прибытии в Котельнич “святого митрополита” и паломничеству к нему той же публики».
Отец Александр Агафонников был арестован в сочельник Рождества Христова — 6 января 1927 года. 20 января следователь зачитал ему постановление о предъявлении обвинения, что «после ареста епископа Флавиана он возглавлял нелегально Котельническое епархиальное управление, на каковое производил денежные сборы <...> в фонд помощи антисоветскому элементу, находящемуся в ссылке. Являлся организатором денежных сборов тому же элементу. Вокруг себя сгруппировал черносотенный реакционный элемент города Котельнич, из которого намеревался организовать нелегальный сестринский кружок, ставивший своей целью содействие антисоветской деятельности проживавшего в городе Котельниче административно ссыльного митрополита Кирилла. После пожара в городе Котельниче поступающие пожертвования на погорельцев Агафонников <...> расходовал на ремонт церквей и <...> отправлял осужденному за контрреволюционную деятельность епископу».
25 января священник был допрошен. Отвечая на вопросы следователя, отец Александр сказал: «Прошло приблизительно полгода после отъезда епископа Флавиана, когда я получил от него письмо, в котором он указывал на свое тяжелое материальное положение. Из чувства долга и сострадания к нему я послал пятьдесят рублей, а после того, как узнал его постоянный адрес, стал посылать ежемесячно по пятьдесят рублей. Деньги, собранные на епархиальные нужды, я считаю, должны находиться в полном распоряжении епископа Флавиана, так как у нас другого епископа нет, почему и считаю просьбы его о высылке денег вполне законными. <...> Деньги, поступившие на ремонт церкви, расходовались по прямому назначению, и все они своевременно оприходовались в приходно-расходный журнал. Митрополиту Кириллу также оказывал материальную помощь из средств епископа».
20 марта 1927 года уполномоченный секретного отделения 6-го отдела ОГПУ А. В. Казанский, составляя окончательное заключение по делу священника Александра Агафонникова, охарактеризовал его как «наиболее активного антисоветского церковного деятеля города Котельнич, <...> создателя и руководителя реакционных мирянских объединений, организатора помощи высланному за антисоветскую деятельность епископату».
27 марта 1927 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило проходивших по одному делу митрополита Кирилла (Смирнова) и священника Александра Агафонникова к трем годам ссылки в Сибирь. По окончании срока ссылки отцу Александру было запрещено жить в ряде крупных городов, в которые, однако, не входила Вятка, куда он приехал и где жил под надзором ОГПУ три года.
Когда срок надзора окончился и отец Александр мог ехать куда пожелает, он воспользовался предложением своего брата, протоиерея Николая, переехать в Московскую область и был назначен в Ильинскую церковь в селе Лемешево Подольского уезда.
14 сентября 1937 года отец Александр был арестован, заключен в тюрьму в городе Серпухове и на следующий день допрошен. Своей вины он не признал. Тогда же были допрошены лжесвидетели, об их показаниях мы уже рассказали в начале статьи.
После этих «показаний» следователь снова допросил отца Александра.
— Весной 1937 года вы в своем доме неоднократно вели контрреволюционные разговоры против советской власти с повстанческим направлением, заявляя, что рабочим и колхозникам плохо живется, крестьянство терпит от советской власти бедствия и что это долго продолжаться не будет и окончится крестьянским восстанием. Признаете ли вы себя виновным?
— Нет, я таких разговоров не вел и виновность свою отрицаю.
— Следствием установлено, что вы в августе 1937 года в группе верующих около церкви вели контрреволюционную агитацию против существующего строя и о плохой жизни при советской власти. Признаете ли вы себя виновным и будете ли вы давать правдивые показания?
— Виновность свою я отрицаю, таких разговоров я с верующими не вел, а если и были разговоры, то о службе на могилках.
10 октября 1937 года тройка НКВД приговорила отца Александра к расстрелу. Священник Александр Агафонников был расстрелян 14 октября 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.