Уроженец Верхнего Египта он крестился уже взрослым, попав по призыву в армию императора Константина Великого — примерно в то время, когда Антоний Великий взошел на гору, чтобы провести там в уединении и молитве двадцать лет. Тогда многие аскеты покидали по его примеру долину Нила, уходя вглубь пустыни. Но лишь немногие из них основали там большие монашеские поселения. Одним из них стал Пахомий.
Монашеской жизни он учился в Фиваиде у аввы Паламона. А прожив в пустыне отшельником десять лет, сам приобрел духовный опыт, и уже к нему как к учителю потянулись новоначальные. Старец Паламон благословил своего духовного сына устроить киновию — иноческую обитель у развалин селения Тавенниси.
Авва Пахомий составил для общины единый устав. Братия носила одинаковую одежду, ела одну и ту же пищу, исполняла назначенных им послушания на общую пользу, в том числе переписывая книги, не должна была иметь собственных денег и ничего не принимала у родственников. Преподобный считал, что послушание, исполняемое с усердием, выше поста и молитвы, и он же ввел в монашескую практику молитву по четкам.
Сам Василий Великий, по уставу которого до сих пор живут многие православные монастыри, позаимствовал у Пахомия многие идеи устройства иноческого общежития. Хотя его киновия еще не была монастырем в нашем понимании — монахи там жили каждый в своей отдельной хижине-келье и много времени проводили в уединении, готовясь к более трудным аскетическим подвигам.
Иноков к Пахомию приходило все больше, пришлось строить новые обители. Целые монашеские общины просили авву стать их наставником.
Преподобный Пахомий прожил недолго, всего 53 года. Перед смертью тяжело болел. Когда-то он ушел в пустыню, чтобы стать анахоретом. Перед смертью в обителях, которые он духовно окормлял было до 7000 человек...
Среди первых отцов-пустынников мало кому удалось прожить и умереть в полном уединении. Все те, кого мы знаем, остались в памяти поколений именно потому, что их пример увлек за собой множество других. В их киновиях не было формальной иерархии, существовал только духовный и моральный авторитет старцев, и те, кто принимали священнический сан, избирались для этого братией за святость своей жизни. Там сохранялась атмосфера духовной свободы, ведь подлинным учителем, который приводил их всех в пустыню и вдохновлял двадцать четыре часа в сутки душей и телом жить по Евангельским заповедям, напрягая все силы, отсекая зло, лукавые помыслы, отказывая себе в удовольствиях земного мира, чтобы целиком отдаться поискам Бога, был Тот, кто указал этот путь всем — Иисус Христос.