Смертникам объявили, что они будут отправлены в дом предварительного заключения на Шпалерной улице. Отец Сергий и заключенный вместе с ним в камеру отец Михаил собрали вещи, часть лишней провизии была роздана нуждающимся арестантам. Вдруг отец Сергий, несколько подумав, сказал: «А все-таки, отче, неизвестно, куда нас повезут. Так же неизвестно, как мы станем там жить и что с нами приключится, а поэтому поисповедуй-ка меня...»
Отец Михаил снял с груди крест, положил его за отсутствием аналоя на подоконник, через шею вместо епитрахили опустил полотенце и прочитал по памяти молитвы к исповеди. Отец Сергий исповедался искренне, горячо и слезно. Это была его последняя исповедь. После этого исповедался отец Михаил.
***
Преподобномученик Сергий родился в 1870 году в деревне Шейно Тульской губернии в семье коллежского секретаря Павла Васильевича Шеина и его супруги Натальи Акимовны и в крещении был наречен Василием. Рано овдовев, Наталья Акимовна осталась с десятью малолетними детьми. По мере взросления Василия встал вопрос о его образовании, на что у матери не было средств. Добрые люди оказали ей помощь: титулярный советник Дмитрий Илариевич Пестрожецкий дал поручительство, что будет платить за все время обучения Василия, и тот под его поручительство поступил в Императорское училище правоведения в Санкт-Петербурге. Но благотворитель не располагал необходимыми средствами, достаточными для оплаты всего срока обучения, и, когда до окончания училища осталось два года, Наталья Акимовна подала прошение на имя императора с просьбой зачислить сына стипендиатом Его императорского Величества. Первоначальная помощь благотворителя и затем государства в лице императора не оказалась напрасной — Василий не остался должником своих благотворителей, а через них и Отечества. В 1893 году он окончил училище правоведения с золотой медалью и занесением его имени на мраморную доску, с присвоением чина титулярного советника и был определен на службу в Министерство юстиции. В 1905 году Василий Павлович был назначен делопроизводителем Общего собрания Государственного совета, в 1907 г. — произведен в статские советники и переведен в Отделение свода законов и назначен в число членов Особого при Святейшем синоде присутствия для разработки вопросов, связанных с подготовкой Священного собора Православной Российской Церкви.
В 1913 году Василий Павлович был избран от Тульской губернии членом IV Государственной думы, в которой он стал заниматься вопросами, касающимися Православной Российской Церкви — был членом вероисповедной комиссии и докладчиком бюджетной комиссии по смете Святейшего синода.
В 1917 году Василий Павлович стал участником Священного собора Православной Российской Церкви: он был избран членом Предсоборного совета, Соборного совета, заместителем председателя Уставного отдела Собора и секретарем Собора. За его избрание секретарем проголосовало большинство членов — 326 человек. Относясь с большой ответственностью ко всему происходящему на Соборе, при обсуждении вопроса о патриаршестве Василий Павлович сказал: «Вопрос о патриаршестве настолько велик, что должен перейти в сознание Церкви, в сознание потомства в полном, точном, всестороннем освещении. Деяния Собора, которые будут содержать наши прения, не суть только наше достояние, а достояние всей Церкви, и должны перейти в потомство с богатым содержанием».
С детства Василий Павлович мечтал о сугубо церковном служении, много времени он проводил в храме, и теперь пришла пора исполниться его пожеланию, тем более что служение Отечеству на государственной службе стало для него невозможно. 12 сентября 1920 года он был пострижен в монашество с именем Сергий в честь преподобного Сергия Радонежского, вскоре рукоположен во иеромонаха, возведен в сан архимандрита и назначен в 1921 году настоятелем Патриаршего Троицкого подворья в Петрограде. Он послужил Господу в светском звании на государственной службе, послужил Церкви, когда еще был чиновником, сначала назначенным на эти должности высшей государственной и церковной властью, а потом как многоопытный государственный муж послужил Священному собору. Теперь он избрал иноческий и пастырский путь, а в тех обстоятельствах это был путь исповеднический. В ночь с 28 на 29 апреля 1922 года архимандрит Сергий был арестован и заключен в тюрьму на Шпалерной улице.
10 июня 1922 года начался судебный процесс над митрополитом Петроградским Вениамином (Казанским), священнослужителями (и среди них архимандритом Сергием) и мирянами Петроградской епархии.
16 июня члены трибунала приступили к допросу архимандрита Сергия.
— Революция в какой должности вас застала? — спросил его председатель суда.
— Членом Государственной думы, — ответил архимандрит Сергий.
— К какой фракции принадлежали?
— Националистов.
— При Временном правительстве где работали?
— Во время Февральской революции продолжал быть членом Государственной думы вплоть до роспуска ее по приказу Временного правительства.
— Религиозные вопросы вас давно интересовали?
— Я не помню дня моей жизни, когда я ими не интересовался.
— Вы, кажется, сказали, что у себя в приходе вы не оглашали это послание, — спросил обвинитель, имея в виду заявление митрополита Вениамина относительно изъятия церковных ценностей, направленное им властям.
— В храме не оглашал.
— А в приходе?
— Прошу конкретизировать вопрос — что такое приход? Я просто прочел его, огласил, ознакомил на заседании приходского совета.
— Почему огласили?
— Как мог скрыть документ, который у меня есть. Я со своим приходским советом в прятки не играю...
— Вы по убеждению поступили в монахи?
— Я считаю такой вопрос для себя оскорбительным. Я поступил в монашество — это дело моей совести.
— Вы знакомы с расколом теперешней Церкви? — стал спрашивать другой обвинитель.
— Очень мало.
— Разницу в направлении так называемой «Живой церкви», которая обвиняет старую Церковь в контрреволюции, — вы понимаете?
— Живую Церковь я знаю только одну, ту, о которой сказано: Церковь Бога Живаго — столп и утверждение Истины.
— Нет, я об этом не спрашиваю, здесь не проповедь, — я спрашиваю о реальном явлении жизни, я спрашиваю о реальной фракции церкви, которая называется «Живой церковью» и которую представляют Введенский, Боярский, Красницкий...
— Я с ними знаком мало.
— Вы в Церковь пошли идейно, вас должны бы как человека с высшим образованием, сенатора...
— Я никогда не был сенатором.
— ...члена Государственной думы интересовать эти вопросы более глубоко.
— Церковь так богата разносторонней духовной жизнью, что можно найти в ней интерес и удовлетворение и вне вопросов церковно-общественной жизни. В Церкви есть огромная мистическая жизнь.
5 июля 1922 года суд приговорил десять человек, и среди них архимандрита Сергия, к расстрелу.
Приговоренных привезли в 1-й исправдом и поместили в нижнем этаже, в котором обыкновенно помещались смертники. Почти всех разместили по двое, архимандрита Сергия — с протоиереем Михаилом Чельцовым.
«В эти первые дни <...>, — вспоминал впоследствии отец Михаил, — за нами, за нашим поведением в камере тщательно наблюдали. Бывало, отодвинут чугунный засов с глазка-оконца в двери, и не успеешь подойти к двери, как уже наблюдающий глаз исчезает и заслон задергивает оконце. <...> О нас эти наблюдения могли одно лишь начальству доносить: всё-де молятся и по камере ходят».
Через некоторое время всем смертникам было объявлено, что они будут отправлены в дом предварительного заключения на Шпалерную.
12 августа около одиннадцати часов ночи приговоренных к расстрелу вывели из камер. Митрополит Вениамин, архимандрит Сергий, Юрий Новицкий и Иоанн Ковшаров, как передает церковное предание, были расстреляны 13 августа 1922 года на окраине Петрограда в лесу и погребены в безвестной общей могиле